در بخش اول این مقاله به مزایای مطالعه گروهی پرداختیم اما بایستی به این مساله هم توجه داشت که مطالعه گروهی و در جمع دوستان، معایبی نیز دارد که از جمله مهم‌ترین آنها می توان به موارد زیر اشاره کرد :
۱- اتلاف وقت
دوستان و همکلاسی‌ها، بخصوص اگر در مساله‌ای به نام آزمون سراسری با هم مشترک باشند، حرف های غیر درسی زیادی هم برای گفتن به همدیگر در این زمینه دارند. کافی است یکی از بحث هایی مانند اینکه “فلانی با وجود مطالعه زیاد نتوانست رتبه خوبی کسب کند” و … مطرح شود؛ به این ترتیب، موضوع بحث و گفت و گوی یک یا حتی چند ساعته میان همه دوستان به وجود می‌آید. علاوه بر صحبت کردن‌های متعدد، هماهنگ نبودن افراد برای مطالعه، رعایت نکردن وقت شروع یا پایان مطالعه، دیر رسیدن و … باعث می‌شود تا وقت مطالعه تلف شود.
۲- ناامیدی و از بین رفتن اعتماد به نفس
وقتی دو یا چند دوست تصمیم می‌گیرند تا به صورت گروهی برای آزمون سراسری مطالعه کنند، یکی از مشکلاتی که پیش می‌آید این است که در بین آنها فرد یا افرادی در درس یا دروسی ضعیف بوده و کسانی نیز در درس یا دروسی قوی باشند. گرچه هدف از مطالعه گروهی، رفع همین اشکالات و ضعف‌ها در دروس است، اما ممکن است که داوطلبان ضعیف‌تر احساس ناامیدی کرده یا اعتماد به نفس خود را از دست بدهند؛ البته این موضوع تا حد زیادی به خود داوطلبان بستگی دارد. با این همه، توانمندی سایرین می‌تواند هم نتیجه منفی و هم مثبت در سایر اعضای گروه دوستان ایجاد کند.
۳- هماهنگی نداشتن در مطالعه
یکی از مهم‌ترین مشکلات مطالعه جمعی، این است که ایجاد هماهنگی برای مطالعه موضوع خاصی در گروه در یک جلسه یا ساعت معین به سختی انجام می‌شود؛ در واقع، ممکن است که فردی در آن درس، قوی و فرد دیگری در همین درس، ضعیف باشد؛ به این ترتیب، داوطلب قوی علاقه‌مند است تا زودتر به مبحث دیگری پرداخته شود؛ در حالی که داوطلب ضعیف تمایل دارد که آن مبحث را بخوبی فراگیرد.